Kirkkovaltuusto
Nokian seurakunnassa ylintä päätösvaltaa käyttää kirkkovaltuusto. Kirkkovaltuustoon kuuluu 32 jäsentä. Kirkkovaltuuston jäsenet valitaan seurakuntavaaleilla joka neljäs vuosi.
Kirkkoneuvosto
Kirkkovaltuusto valitsee kirkkoneuvoston jäsenet. Kirkkoneuvostoon kuuluu puheenjohtajan (kirkkoherra) lisäksi kahdeksan jäsentä.
Tukitiimit
Kirkkovaltuuston ja kirkkoneuvoston lisäksi Nokian seurakunnassa toimii kuusi tukitiimiä, joiden jäsenet nimeää kirkkoneuvosto. Tukitiimeillä ei ole päätösvaltaa.